22 września 1980 roku przed Collegium Broscianum UJ przy ulicy Grodzkiej studenci zwołali wiec nowej, niezależnej organizacji, która miała przełamać monopol podporządkowanego PZPR Socjalistycznego Związku Studentów Polskich. Jednocześnie organizowano spotkania, których celem było doprowadzenie do powstania jednej, ogólnopolskiej, niezależnej organizacji studenckiej.

Krakowscy studenci opowiadali się za rejestracją poszczególnych organizacji na szczeblu uczelni z odrębnymi statutami, a następnie powołaniem ich federacji, co nie zyskało jednak poparcia przedstawicieli innych szkół wyższych. Młodzi ludzie z Uniwersytetu Jagiellońskiego, Politechniki Krakowskiej, Akademii Medycznej oraz Akademii Rolniczej złożyli do rejestracji osobne statuty uczelniane. Ostatecznie dopiero w styczniu 1981 roku reprezentanci krakowskich szkół wyższych znaleźli się w Ogólnopolskim Komitecie Założycielskim.

Kraków stał się wkrótce jednym z jego najsilniejszych ośrodków działania NZS. NZS prowadził nie tylko działalność organizacyjną, ale także oświatową – zorganizował Klub Myśli Patriotycznej „Jagiellonia”, wydawał pisma, powołał wydawnictwo.